《萌將三國》三國系統包括封地系統、武魂系統、戰役系統和寶石系統。
封地系統包含有：官邸、船塢、耕地、馬厩、擂臺等。 封地是遊戲中黃金和銀兩的主要來源。
武魂即是武將的魂魄，相當於是武將的一另外種裝備。玩家可以通過收集武魂，升級武魂，裝備武魂，來進一步提高自身武將的戰鬥能力。
目前遊戲中總共有46張戰役地圖，玩家每通關一個戰役即會開放一個城市。前兩張地圖是所有玩家都需要通過的，之後每個國家分別通關12張戰役地圖之後，再次進入相同的戰役地圖闖關之中。進入戰役可以得到NPC掉落物品和兵符。
玩家可以在帶孔的裝備上鑲嵌寶石，這樣可以使這件裝備獲得寶石的屬性能力，從而令裝備更加強大。
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